'द केरल स्टोरी' केरल में युवा हिंदू महिलाओं के इस्लाम में कथित कट्टरता और धर्मांतरण के इर्द-गिर्द केंद्रित है,
जिसके बाद उन्हें आईएसआईएस में शामिल होने के लिए मजबूर किया जाता है। यह केरल के विभिन्न हिस्सों की तीन युवा लड़कियों की सच्ची कहानी है।
'द केरला स्टोरी' पूछताछ कक्ष में शुरू होती है जहां शालिनी (अदाह शर्मा) अपने भयानक और दुखद अतीत के बारे में विस्तार से बताती है
वह संकट की स्थिति में क्यों है। उनकी बैकस्टोरी कॉलेज के चार छात्रों के इर्द-गिर्द घूमती है, जिन्होंने केरल के सरगौड़ा में एक नर्सिंग स्कूल में दाखिला लिया है।
कहानी शालिनी के दृष्टिकोण से सुनाई गई है, जो अपनी रूममेट्स गीतांजलि (सिद्धि इदनानी), निमाह (योगिता बिहानी) और आसिफा (सोनिया बलानी) के साथ एक गहरा रिश्ता साझा करती है।
दूसरों से अनभिज्ञ, आसिफा के पास अपने रूममेट्स को बेनकाब करने और इस्लाम में परिवर्तित करने का एक गुप्त एजेंडा है।
बाहर से अपने पुरुष सहयोगियों की सहायता से, वह यह सुनिश्चित करती है लड़कियों को कट्टरपंथी बनाया जाए और मतिभ्रम पैदा करने वाली दवाओं का उपयोग करके उन्हें धर्म में शामिल किया जाए।
शालिनी के गर्भवती होने के बाद, उसे उस व्यक्ति के अलावा किसी और से शादी करने के लिए मजबूर किया जाता है
जिसने उसे गर्भवती किया था, और फिर पाकिस्तान और अफगानिस्तान के रास्ते सीरिया की लंबी यात्रा पर निकल जाती है।